Zgodnie z art. 29 ust. 2 rozporządzenia Rady (WE) nr 73/2009 z dnia 19 stycznia 2009 r., ustanawiającego wspólne zasady dla systemów wsparcia bezpośredniego dla rolników w ramach wspólnej polityki rolnej i ustanawiającego określone systemy wsparcia dla rolników oraz zmieniającego rozporządzenia (WE) nr 1290/2005, (WE) nr 247/2006, (WE) nr 378/2007 i uchylającego rozporządzenie (WE) nr 1782/2003, płatności są przekazywane w nie więcej niż dwóch ratach na rok, w okresie od dnia 1 grudnia do dnia 30 czerwca kolejnego roku kalendarzowego. Przewidziana ww. przepisami data wypłaty płatności (od dnia 1 grudnia do dnia 30 czerwca kolejnego roku kalendarzowego) ma na celu zapewnienie prawidłowej realizacji tego wsparcia. Przyznanie płatności musi bowiem zostać poprzedzone szeregiem czynności takich jak: kontrole administracyjne i krzyżowe wniosków, typowanie wniosków do kontroli na miejscu, przeprowadzanie kontroli w terenie, opracowanie wyników kontroli i przekazanie materiałów do wydania decyzji oraz wydanie decyzji.

Niemniej jednak, zgodnie z art. 1 rozporządzenia Komisji (WE) nr 691/2009 z dnia 30 lipca 2009 r., umożliwiającego płatności zaliczkowe, które mają być wypłacane od dnia 16 października 2009 r. z tytułu: premii mlecznej i płatności dodatkowej, płatności obszarowej z tytułu roślin uprawnych, płatności bezpośrednich w ramach środków ustanowionych w programach POSEI i programach dotyczących wysp Morza Egejskiego, systemu płatności jednolitej, specjalnej płatności z tytułu uprawy ryżu, premii z tytułu roślin białkowych, premii w sektorze mięsa baraniego i koziego, płatności z tytułu wołowiny i cielęciny oraz systemu jednolitej płatności obszarowej, począwszy od dnia 16 października 2009 r. i pod warunkiem, że zakończono weryfikację warunków kwalifikowalności, zgodnie z art. 20 rozporządzenia Rady (WE) nr 73/2009, państwa członkowskie mogą dokonywać płatności zaliczkowych w wysokości do 70% płatności w odniesieniu do wniosków złożonych w 2009 r. Jednocześnie zgodnie z art. 29 ust. 3 ww. rozporządzenia Rady nr 73/2009, płatności w ramach systemów wsparcia bezpośredniego nie mogą być wypłacone przed zakończeniem kontroli sprawdzania warunków kwalifikowalności.

Podkreślenia natomiast wymaga fakt, że przewidziana w przepisach wspólnotowych możliwość wypłaty zaliczek płatności, nie obejmuje krajowych płatności uzupełniających stosowanych w Polsce w ramach uproszczonego systemu płatności bezpośrednich SAPS. Oznacza to, że ewentualne wdrożenie płatności zaliczkowych wymagałoby modyfikacji systemu informatycznego na potrzeby wypłaty płatności zaliczkowych jedynie w zakresie jednolitej płatności obszarowej. Pociąga to za sobą z jednej strony dodatkowe koszty (nieuwzględnione w ustawie budżetowej na 2009 rok), z drugiej zaś strony, może być realizowane etapowo, co w istotny sposób spowoduje opóźnienia w przeprowadzanej na bieżąco kontroli administracyjnej. W opinii Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi, w tej sytuacji rozwiązaniem korzystniejszym dla rolników będzie przyspieszenie wypłaty wszystkich płatności bezpośrednich w przewidzianym w rozporządzeniu terminie (od 1 grudnia 2009 r.). W tym celu podjęte zostały działania, aby płatności realizowane były jak najszybciej i bez zbędnej zwłoki.

Ponadto, począwszy od 16 października 2009 r., Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa rozpocznie wypłacanie pieniędzy rolnikom, którzy prowadzą działalność na obszarach o trudnych warunkach gospodarowania (ONW). Natomiast w obszarze płatności bezpośrednich wypłatę należnych rolnikom płatności, Agencja rozpocznie stosownie do przepisów wspólnotowych, tj.: począwszy od dnia 1 grudnia 2009 r. ARiMR już w grudniu 2009 r., planuje przekazać płatności na rachunki bankowe dla ok. 1 mln rolników, co stanowi 70% wszystkich ubiegających się o te płatności. Planuje się, że także w grudniu br., skierowane zostaną do naliczania płatności pozostałe sprawy, dla których, w trakcie przeprowadzania kontroli na miejscu stwierdzono nieprzestrzeganie określonych rozporządzeniem norm i wymogów. Jednocześnie Agencja zobowiązała się do naliczania w pierwszej kolejności płatności dla rolników z obszarów, na których w 2009 roku wystąpiły obfite opady deszczu i podtopienia gruntów rolnych.